サーチ事項
・初期原子座標作成方法
https://polymer.apphy.u-fukui.ac.jp/~koishi/lecture/md_program2/index.php
polymer.apphy.u-fukui.ac.jp
・初速度分布を描くツール作成
https://polymer.apphy.u-fukui.ac.jp/~koishi/lecture/md_program3/index.php
polymer.apphy.u-fukui.ac.jp
https://masatakaym.github.io/Molecular-Simulation/simulation-basic.pdf
6 分子動力学シミュレーションの手順
分子シミュレーションを実行するための基本的な手順は以下の通りとなる.
- 初期構造の生成
分子動力学シミュレーションを行うため, 粒子の座標と運動量の初期条件を決める. 運動量はボルツマ
ン分布にしたがって生成することが多い. 通常, 重心に関する並進速度と角速度はゼロとなるように設
定する.
8 - 平衡化
調べたい状態を作るため, 温度の制御をして平衡状態にする. - 本番
本番のシミュレーションを実行する. つまり, 運動方程式を数値的に解く. 粒子配置に対して力を計算し
て, その力にしたがって運動量や座標を更新する. 必要なステップだけ繰り返したら, 得られた物理量の
統計平均をとるなど結果を解析する.
md2019/nosehoover/README.md at main · kaityo256/md2019
分子動力学法の理論と実装(集中講義ノート). Contribute to kaityo256/md2019 development by creating an account on GitHub.
github.com
参考
Introduction to molecular dynamics simulations
www3.mpibpc.mpg.de
pwd
~/argon_crystallization_gromacs_240624
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