Uncategorized アルゴンの結晶構造作成 | 24/11/28(木)
アルゴンの結晶構造について アルゴンの結晶構造作成プログラム cat make_crystal_structure.py stdout: import sys class Atom: def __init__(self, x, y, z):...
Uncategorized Git チーム（個人）開発におけるGit, GitHubの使い方 | メモ | 24/11/14(木)
開発の流れ 以下の1, 8, 9, 10はGithub上で, その他はローカル上で行うことを想定している. Issueを作って自分のタスクを登録する developブランチにてgit pullを実行 git switch -c ブランチ名 ...
LAMMPS | 物性研スパコン(ohtaka) | テスト計算 物性研スパコン システムB （ohtaka）| LAMMPSテスト計算 | ログ | 24/10/31(木)
参照先 ひとこと要約 物性研スパコン システムB（ohtaka）にて，LAMMPSを実行する手順をStep by Stepでトレースした． LAMMPSテスト計算（実行手順ログ） はじめに，物性研スパコン（ohtaka）にSSH接続する．（...
物性研スパコン 物性研スパコン システムB （ohtaka）| 初期SSH接続設定 | ログ | 24/10/24(木)
ひとこと要約 物性研スパコンシステムB（ohtaka）にSSH接続する方法として，接続元によってSSH接続ができないという問題に直面した． 結論として，接続元が22番ポートを開放していない通信回線の場合，現状ままではSSH接続ができなかった...
LAMMPS | 結晶成長 | On Docker 融液からの結晶成長過程再現ログ | 融液の初期構造作成まで | 結晶化再現中 | Argon | LAMMPS | 24/10/17(木)
参照先 参照論文： Docker上でのLAMMPS実行環境構築（過去ログ）： アルゴン1000原子の初期座標作成（過去ログ）： 3.1 シュミレーション方法のトレース | 融液の初期構造作成まで（ログ） 計算条件 アンサンブルNPT温度50...
VMD | 環境変数設定 | MacOS MacOS | VMD | 環境変数設定ログ | 24/10/07(月)
参照先 実行環境 MacBook Pro（2018） プロセッサ：2.3 GHz クアッドコアIntel Core i5 グラフィックス：Intel Iris Plus Graphics 655 1536 MB メモリ：16 GB 2133...
VMD | On Docker | MacOS VMD環境構築 | On Docker | MacOS | 24/10/3(木) | 失敗ログ
参照先 過去ログ Docker imageをダウンロード % pwd /Users/li/Documents/Research docker pull afandiadib/vmd:mesa stdout: mesa: Pulling fr...
LAMMPS LAMMPS周辺環境構築 | 24/9/27(金)
参照先 LAMMPSでシミュレーションをするのに必要なツール5選