Uncategorized LAMMPS解析ツールの忘備録
はじめに分子動力学計算ソフトLAMMPSの後処理解析ツールに関する忘備録です。想定される読者LAMMPSによる分子動力学計算後に、ログファイルやトラジェクトリファイルを可視化したい方ローカルに環境構築せず可視化したい方解析ツール一覧MDAn...
Uncategorized VirtualBox ホスト（macOS）とVirtualBoxでクリップボードの共有を有効化
手順1. VirtualBox画面上部のからを選択2. 1.後に表示されるCDマークのをダブルクリック3. を選択4. を選択5. 以下の画面のように正常にインストールできた場合は、手順7に進む下の画面のように表示された場合は手順6に進む6...
Uncategorized LAMMPS-GUIのインストールと使い方
LAMMPS-GUIのインストールインストール先参考一覧インストールログここでは、現時点での最新版をインストールする。：2024-12-13 15:47LAMMPS-macOS-multiarch-GUI-latest.dmgREADME....
Git チーム（個人）開発におけるGit, GitHubの使い方 | メモ
開発の流れ以下の1, 8, 9, 10はGithub上で, その他はローカル上で行うことを想定している.Issueを作って自分のタスクを登録するdevelopブランチにてgit pullを実行git switch -c ブランチ名 で追加機...
LAMMPS | 物性研スパコン(ohtaka) | テスト計算 物性研スパコン システムB （ohtaka）| LAMMPSテスト計算 | ログ | 24/10/31(木)
参照先ひとこと要約物性研スパコン システムB（ohtaka）にて，LAMMPSを実行する手順をStep by Stepでトレースした．LAMMPSテスト計算（実行手順ログ）はじめに，物性研スパコン（ohtaka）にSSH接続する．（関連：過...
物性研スパコン 物性研スパコン システムB （ohtaka）| 初期SSH接続設定 | ログ | 24/10/24(木)
ひとこと要約物性研スパコンシステムB（ohtaka）にSSH接続する方法として，接続元によってSSH接続ができないという問題に直面した．結論として，接続元が22番ポートを開放していない通信回線の場合，現状ままではSSH接続ができなかった．逆...
LAMMPS | 結晶成長 | On Docker 融液からの結晶成長過程再現ログ | 融液の初期構造作成まで | 結晶化再現中 | Argon | LAMMPS | 24/10/17(木)
参照先参照論文：Docker上でのLAMMPS実行環境構築（過去ログ）：アルゴン1000原子の初期座標作成（過去ログ）：3.1 シュミレーション方法のトレース | 融液の初期構造作成まで（ログ）計算条件アンサンブルNPT温度500K → 急...
VMD | 環境変数設定 | MacOS MacOS | VMD | 環境変数設定ログ | 24/10/07(月)
参照先実行環境MacBook Pro（2018）プロセッサ：2.3 GHz クアッドコアIntel Core i5グラフィックス：Intel Iris Plus Graphics 655 1536 MBメモリ：16 GB 2133 MHz ...