分子動力学計算
書籍
分子動力学法による物理化学実験(CD-ROM付 byWindows)
分子動力学法(MD)シミュレーションは,分子の動きや構造などを考えるうえで大変有効で様々な分野でその重要性が増している。本書では富士通(株)開発ソフトWinMASPHYCを使い,基本的な物理化学の問題を解きながらMD法の習得をはかるものであ...
www.sankyoshuppan.co.jp
Webサイト
Material studio,lammpsます 分子モデル構築、分子動力学シミュレーション | レポート・スピーチ・各種代筆 | ココナラ
多くの初心者が自分の研究プロジェクトをすばやく開始できるように、このサービスを提供いたします。複雑なシステムの分子模型の構築（1）小分子、結晶、高分子などの基本...
coconala.com
第4章 タンパク質-リガンドのMD simulation｜自宅でできるin silico創薬【解析編】 ~”おうち創薬”を気軽に楽しもう！~
zenn.dev
分子動力学計算
サイトの名称 分子動力学計算
www.spsj.or.jp
- GROMACS実習
http://www.scls.riken.jp/wp-content/uploads/2013/12/scls_GROMACS_lecture.pdf
- Gromacs基礎編
https://winmostar.com/jp/tutorials/Gromacs_tutorial_1%28Basic%29.pdf
- GROMACS Wizardによる分子動力学シミュレーション
https://filgen.jp/Product/BioScience21-software/OneAngstrom/GROMACS.pdf
- GPUスパコンを活用した高分子系の大規模／大容量MD計算の事例紹介
https://icts.nagoya-u.ac.jp/ja/sc/event/20220913_user/Hagita.pdf
- 分子動力学シミュレーションソフトLAMMPSの使い方【計算化学、理論化学】
- https://youtu.be/KJIZpcSZfkc?si=_jOyEf_y2PTVWcR
- LAMMPSのサンプルコード
GitHub - kaityo256/lj_and_wca: This is a sample input file for LAMMPS.
This is a sample input file for LAMMPS. Contribute to kaityo256/lj_and_wca development by creating an account on GitHub.
github.com
- GitHubのフォークとLAMMPS
lab_startup/github_lammps/README.md at main · kaityo256/lab_startup
研究室のPCのセットアップ資料. Contribute to kaityo256/lab_startup development by creating an account on GitHub.
github.com
- 「LAMMPSと連携ソフトウエアによる有機材料の分子動力学計算」
LAMMPSと連携ソフトウエアによる有機材料の分子動力学計算
makoto-yoneya.github.io
液体アルゴンの分子動力学シミュレーション
液体アルゴンの分子動力学シミュレーション
ceram.material.tohoku.ac.jp
- 5. Nose-Hoover Method
md2019/nosehoover/README.md at main · kaityo256/md2019
分子動力学法の理論と実装(集中講義ノート). Contribute to kaityo256/md2019 development by creating an account on GitHub.
github.com
GitHub - MasatakaYm/Molecular-Simulation: 分子シミュレーションの理論や関連するトピックをまとめたノート
分子シミュレーションの理論や関連するトピックをまとめたノート. Contribute to MasatakaYm/Molecular-Simulation development by creating an account on GitH...
github.com
- 【計算化学】分子の相互作用(5): 周期境界条件とカットオフ法
- https://youtu.be/jSY4UlvPOz8?si=U_jtzOQ7NtbMAMWV
- TakefumiYamashita/山下雄史
- https://twitter.com/TakYam_SBP2019
- 計算化学.com
- https://x.com/ComputerChem
- Chem-Station
- https://x.com/chemstation
Amber | 計算化学ポータルサイト | 計算化学.com
computational-chemistry.com
Just a moment...
axel.as-1.co.jp
ソフトウェアの選び方 | HPCシステムズ・計算化学ソリューション
計算化学ソフトウェアごとに計算できる内容は少しずつ異なります。それぞれの特色を紹介します。
www.hpc.co.jp
分子動力学計算に関する記事一覧
分子動力学計算に関する記事一覧
www.chem-station.com
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計算化学ソフトウェアごとに計算できる内容は少しずつ異なります。それぞれの特色を紹介します。
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アドバンスソフト株式会社
計算科学技術におけるリーディングカンパニー
www.advancesoft.jp
【Advance/NanoLabo】世界初、材料モデル生成 AI の開発に成功 | アドバンスソフト株式会社
AI による材料モデリング機能 “Autopilot” を Advance/NanoLabo に搭載いたしました。アドバンスソフトは、ユーザーが作りたい原子構造モデルをテキストまたは音声で入力するだけで、自動的にモデルが作成される “Aut...
www.advancesoft.jp
分子動力学シミュレーション｜nori｜note
分子動力学シミュレーション
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分子シミュレーションに関するお勧めの参考書｜nori
仕事柄，「お勧めの分子シミュレーション参考書ありますか？」と聞かれることがあるのですが，そんな時は迷わず↓の参考書を第一に挙げています。 生体分子の統計力学入門 ―タンパク質の動きを理解するために― www.amazon.co.jp 5,2...
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MD計算における温度制御について｜nori
MD計算の目的の一つに指定された熱力学条件における系の性質を解析・予測することが挙げられます。特定の温度での状態をシミュレーション上で実現するために，系の自由度に対する熱浴からの影響を何かしらの形でモデル化します。そのモデル化には様々な手法...
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NPT条件下で時間依存の物理量を解析する方法｜nori
本記事は2022/8/17に修正されました。 １．数式を画像からtexに差し替え ２．NPT/NVTアンサンブル間の期待値の関係における式展開の誤りを修正 NPTアンサンブル（粒子数，圧力，温度一定）やNVTアンサンブル（粒子数，体積，温度...
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metadynamics trajectoryから任意の自由度の統計的性質を解析する方法｜nori
metadynamicsは系内のある自由度に対して時間依存のバイアスポテンシャルを課し，最終的にその自由度の平均力ポテンシャルを得ることができる手法です。ですが，実はバイアスが課されていない自由度も解析対象することが可能です。この記事では，...
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平衡化について｜nori
生体分子シミュレーションでは，多くの場合，平衡系での統計サンプリングを目的にしています。実践的に平衡状態に達している初期構造を用意することは絶望的に難しく，統計サンプリング（production runと呼ばれたりします）を行う前に平衡化計...
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Plumed + Gromacsのインストール｜nori
Plumedは平均力ポテンシャルを計算するための様々な機能を提供するツールです。Gromacs等のMD計算エンジンにアドオンできます。特にGromacs自体には平均力ポテンシャルを計算する機能が乏しいので，Gromacsへのアドオンは価値が...
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量子化学計算
量子化学計算
サイトの名称 量子化学計算
www.spsj.or.jp
YamLab | 計算化学で問題解決 | 千葉工大 応用化学
計算化学で問題解決 | 千葉工大 応用化学
yamlab.net
GAMESSではじめる量子化学計算
この講座では、GAMESS の基本的な使い方、そして、量子化学計算に取り組むときに知っておくと助けになることについて、ざっくりとご紹介します。
course.yamlab.net
GAMESSではじめる量子化学計算 | YamLab
このコンテンツとほぼ全く同じ内容を「YamLab オンラインコース」にも掲載しています。教材として使いやすい方をご利用ください。 この講座について GAMESS とは、量子化学の知識や技術に基づいて分子の様々な性質を解析しようとす
yamlab.net
データ駆動型科学
高分子のデータ科学
サイトの名称 高分子のデータ科学
www.spsj.or.jp
結晶成長
産総研：溶液をかき混ぜると結晶成長が速くなるのはなぜか？
www.aist.go.jp
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